Sì che funziona, usare un link simbolico...

ls -l /var/www
e vedi i permessi

mkdir /home/new_vhost
e crei la cartella "nuova"

chmod xxx /home/new_vhost
e cambi i flag dei permessi

chown aaa:bbb /home/new_vhost
e cambi i proprietari

cp -Rp /var/www/* /home/new_vhost/
e copi tutto ciò che c'è ora sulla www dentro la nuova cartella, mantenendo permessi e proprietari (potrebbe metterci un po' di tempo, quindi o lo fai a server web spento, o quando sai che non c'è nessuno sui vari siti)

ls -l /home/new_vhost
e verifichi che sia tutto a posto

a questo punto...
mv /var/www /var/www_old
e così puoi passare all'ultimo punto

ln -s /home/new_vhost /var/www
e crei il link simbolico.

Finito