Ciao, avevo fatto una cosa similie.
jCrop ovviamente non ha la parte di upload perchè diversa a seconda dell'utilizzo.
Alla fine sul click se non error, jcrop ritorna i dati X Y del crop, le dimensioni e quant'altro.

Da queste costruisci una url e passi i parametri in GET o POST, fai una chiamata al server (magari in ajax ) e coi dati che hai (img path + dati jcrop) fai un upload/script.