Sì, naturalmente si può fare, avendo cura di scegliere come tipo di progetto "Applicazione console C++ nativa" (o roba del genere); può darsi che VC++ ti imposti un template di progetto un po' complicato (supporto a TCHAR, stdafx.h e compagnia), per cui probabilmente ti conviene scegliere l'opzione "progetto vuoto" e aggiungere da te i file .cpp/.h che intendi usare.