Ah allora è un bel problema. Conosco la classe html2pdf ma non ho mai avuto questo problema, in generale su un pdf si può limitare la modifica, ma se nessuna funzione della classe lo prevede l'unica soluzione è scriverti tu un metodo (da aggiungere alla classe) studiandoti le specifiche del formato pdf. Prova a chiedere qui http://www.yaronet.com/forum-html2pdf credo che sia il forum ufficiale (ing e francese).
In alternativa (non so il tuo caso, ma mi sembra di capire che qualche collaboratore faccia "la cresta") potresti implementare un sistema di consegna delle fatture ANCHE via email, magari non verrà mai letta ma almeno il collaboratore è meno tentato, sapendo che corre il rischio. Ripeto, non conosco il tuo caso, quindi non so se può essere una soluzione.