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1) Offuscamento a parte, è possibile proteggere il codice dell'Applet che fa questo oppure no?
In generale no. L'offuscamento comunque è già un buon deterrente nella maggior parte dei casi. Per progetti abbastanza grandi già è difficile comprendere tutto quanto pur avendo i sorgenti "originali" .... figuriamoci se li decompili e sono offuscati ....
Per progettini piccoli (come immagino il tuo), anche se offuscato il codice potrebbe risultare ancora comprensibile.

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2) Tralasciando il fatto che le Applet stanno andando in disuso è tecnicamente possibile ed agevole fare questo oppure molto più complesso di quello che penso?
Possibile sì lo è. E non ci sarebbero nemmeno particolari problemi di sicurezza se il "sito" a cui vuoi connetterti è lo stesso da cui proviene la applet. (le applet hanno pesanti restrizioni, se non sono firmate; possono aprire connessioni solo verso l'host da cui provengono)

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3) Per scrivere su uno spazio web è necessario fornire url, user e password o serve altro?
Dire "scrivere" su uno spazio web è vago .... bisogna vedere come. Tramite FTP? Allora certamente in genere c'è da autenticarsi. Tramite HTTP ad esempio con un POST? Qui in generale se e come autenticare è compito tuo stabilirlo.
In altro modo? Allora precisa meglio.

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4) C'è qualche classe o tecnologia che permette di "loggarsi" al server in modo semplice?
Anche qui "loggarsi" è vago. Dipende con che protocollo e eventualmente a che livello.

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5) C'è il rischio che accedendo al codice dell'applet l'utente venga a conoscenza dei parametri di accesso al server pur decriptando i dati di accesso al server?
Se li "cabli" nella applet, anche se fossero ben occultati, magari criptati o in forma "strana", l'eventualità che ci sia qualcuno più furbo e/o in gamba di te c'è sempre ....