Sì, esattamente come per le applet.
Anche le applicazioni avviate con Java Web Start, hanno restrizioni, praticamente come per le applet. (come già detto per le applet, a meno di fornire i necessari permessi).
L'unica cosa davvero necessaria in più è il fatto di dover scrivere un file XML (con estensione .jnlp) che "descrive" la applicazione.
Sicuramente no.