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a) E' più facile/immediato capire come scrivere questo file XML con estensione .jnlp oppure fare un sito dinamico a tutti gli effetti?
Stai comparando due cose radicalmente diverse .... come dire "meglio andare al bar a comprare una brioche o preparare il pranzo di Natale?"
E comunque, ovviamente la prima che hai detto. Un file .jnlp se va male sono 50, 60 righe o giù di lì. Non ho mai visto file jnlp più grossi. Sul mio sito ho due piccole applicazioni Java e nelle relative pagine ho messo un pulsante (potevo anche farlo con un semplice link) collegato al file .jnlp. I miei file jnlp sono di 25 righe, non ci ho messo granché, giusto il minimo per poter avviare l'applicazione.

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b) Inoltre mi sembra di capire che il problema di scrittura su server sia di fatto impossibile, giusto?
No, ripeto che innanzitutto dire "scrivere sul server" è vago. Per comunicare con un server, in generale, si usa un "protocollo di comunicazione". Su internet i protocolli sono tantissimi (se consideriamo anche posta elettronica, newsgroup, messaging, ecc...). Per i siti web il protocollo è HTTP. Quindi un qualunque "client" (browser standard ma anche una applicazione in un qualche linguaggio) può comunicare con un "server" HTTP. Se il server permette di eseguire codice in uno dei possibili linguaggi server-side, es. Java, PHP, C#/.NET, Perl, Python, Ruby (e sicuramente altri), allora puoi realizzare applicazioni web "dinamiche".
Punto, tutto qui.