di base dopo l'analisi del dominio e la stesura dei requisiti del sistema si creano le basi di dati e i meccanismi interni.

Visto che questa parte hai detto che già ce l'hai, direi che un sistema debba (anche se ormai tutti pensano non sia cosi) girare in primis lato server. Quindi lo sviluppo inizia dalla parte server PHP del sistema.

se poi seguiamo una logica di progressive enhancement quando il nostro sito/programma gira completamente in modo statico (server-side) possiamo dedicare il tempo a velocizzare i processi inserendo javascript, grafica e immagini.