Per inserire header e footer basta che ti fai 2 view specializzate, per esempio

header_vew.php contenente il codice per l'header
footer_vew.php contenente il codice per il footer

poi in tutte le view
Codice PHP:
<html>
    <head>
        ....
    </head>
    <body>
        <?php echo $this->load-view('header_view') ?>

        codice della pagina tra header e footer

        <?php echo $this->load-view('footer_view') ?>
    </body>
</html>
La gestione delle sessioni lasciala a CI ed usa le sue funzioni per aggiungere, leggere e cancellare dati:
- $this->session->set_userdata(...)
- $this->session->userdata(...)
- $this->session->unset_userdata(...)
ecc...


Poi cosa ti serve?