Ok, direi che mi sono perso in un bicchiere d'acqua per la struttura... ho fatto la cosa molto più complicata di quanto non sia.
Premetto che non lo sto provando ora, questa sera appena sarò a casa lo testerò, ma anche con la struttura che mi hai dato dovrei avere due $this->load->library("sessions") (uno dove scrivo la sessione ed uno, nella pagina protetta, dove controllo la sessione) e dunque 2 record nel database no?