Ogni versione del .NET Framework fa storia a sé; se il programma vuole la 4.0, installa la 4.0.

Per inciso, domande come queste (che di fatto non riguardano la programmazione, ma semplicemente l'installazione di un runtime per eseguire un programma di terze parti) vanno nella sezione Windows e software, dove provvedo a spostare il thread (aggiustando un pelo il titolo ).