Purtroppo non ho esperienza con gli e-commerce, ma probabilmente è meglio guardare a Magento o PrestaShop, mentre penso che WordPress sia più sensato se si parte da un sito o blog esistente e gli si vuole aggiungere un e-commerce forse con non troppe pretese senza perdere le funzionalità del sito/blog.
Non so però se ti basterà impararne uno ed usare sempre quello per tutti i progetti, perché dipende anche da come è orientata l'azienda e se già ne sta utilizzando uno e quindi non ha alcuna voglia di cambiare. Nel tuo caso credo che si parta da zero, ma impararne uno ed utilizzare sempre e solo quello non credo sia fattibile in generale.