Non si sa di che database tu stia parlando..
Mi vien da pensare che l'impossibilità di dichiarare una chiave primaria costituita da più campi sia un problema di Netbeans e non del database stesso; prova a farlo utilizzando uno dei client tipici del tuo ddabase server (SQL Management Studio per MS SQL Server, phpmyadmin per MySQL, etc)

La query per la cancellazione di uno specifico record in una tabella è banale (immaginando di avere una chiave costituita da due campi) "delete from tabella where campo1 = XX and campo2 = YY")
L'associazione tra la griglia che visualizzi ed il pulsante che ci sta a fianco (e quindi il corretto inserimento dei parametri XX e YY nella query di cui sopra) è un problema di programmazione e non di database, apri una discussione apposita nella sezione Java