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Per manipolare questi grandi numeri sto usando la classe LargeInteger di una libreria esterna
Questa?

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durante la determinazione di un GRANDE numero dove ottengo un "OutOfMemoryError" pur avendo settato l'heap size da linea di comando a, per esempio, 2 GB (-Xmx2048m).
Senza vedere il codice comunque è un po' difficile dire cosa potrebbe non essere "appropriato" e causare il problema di memoria. Potrebbe essere altro, es. il modo in cui gestisci gli oggetti in generale .....

Innanzitutto come consiglio: non usare il task manager di Windows che peraltro non è in grado di mostrare il grafico della memoria per un singolo determinato processo. Usa jconsole, è un tool del JDK.