Occhio, nella pagina works.html il body ha un margin di 8 pixel, ma è l'unica anomalia.
Per il resto, il disallineamento tra le pagine è dato dalla lunghezza variabile delle stesse, in quanto se la pagina è più lunga della finestra del browser compare la barra di scorrimento laterale. Puoi risolvere facendo comparire sempre la barra di scorrimento, applicando al body la regola css overflow-y: scroll;