Adesso do un'occhiata a quello che hai scritto però credo di aver risolto in questo modo. Potrei avere un tuo parere?

codice:
package prova;

import java.util.Map;
import java.util.Set;
import java.util.TreeMap;

public class Esempio {

    public static void main(String[] args) {
        Object[][] A1 = { { 1, 5, 9 }, { 4, 6, 10 }, { 3, 0, 9 } };
        Object[][] A2 = { { 0, 9, 9 }, { 2, 1, 10 } };
        TreeMap<Object, Object[]> tm = new TreeMap<Object, Object[]>();
        tm.put(A1[0][0], A1[0]);
        tm.put(A1[1][0], A1[1]);
        tm.put(A1[2][0], A1[2]);
        tm.put(A2[0][0], A2[0]);
        tm.put(A2[1][0], A2[1]);
        // Nel software originale ci sono dei cicli particolari... non soffermarti su questo punto...
        Set<Map.Entry<Object, Object[]>> set = tm.entrySet();
        int m = set.size();
        Object[][] B = new Object[m][];
        int j = 0;
        for (Map.Entry<Object, Object[]> me : set) {
            int colonne = me.getValue().length;
            Object[] riga = me.getValue();
            B[j] = new Object[colonne];
            for (int k = 0; k < colonne; k++) { // Non c'è nulla di più veloce di questo? :( :( :(
                B[j][k] = riga[k];
            }
            j++;
        }
    }
}

Non riesco a usare meno di 2 cicli for e TreeMap al proprio interno esegue degli ordinamenti percui e come ce ne fossero come minimo 3, l'algoritmo per capirci è molto dispendioso. Il mio problema è che non riesco a convertire questa TreeMap che difatto contiene già quello che mi serve in una benedetta matrice. Ho anche provato questo comando interessante ma poi non so che farmene:

codice:
List<Value> list = new ArrayList<Value>(map.values());