Aspetta sono un idiota, ecco qui la soluzione, dimmi cosa ne pensi:

codice:
package prova;

import java.util.Map;
import java.util.Set;
import java.util.TreeMap;

public class Esempio {

    public static void main(String[] args) {
        Object[][] A1 = { { 1, 5, 9 }, { 4, 6, 10 }, { 3, 0, 9 } };
        Object[][] A2 = { { 0, 9, 9 }, { 2, 1, 10 } };
        TreeMap<Object, Object[]> tm = new TreeMap<Object, Object[]>();
        tm.put(A1[0][0], A1[0]);
        tm.put(A1[1][0], A1[1]);
        tm.put(A1[2][0], A1[2]);
        tm.put(A2[0][0], A2[0]);
        tm.put(A2[1][0], A2[1]);
        Set<Map.Entry<Object, Object[]>> set = tm.entrySet();
        int m = set.size();
        Object[][] B = new Object[m][];
        int j = 0;
        for (Map.Entry<Object, Object[]> me : set) {
            int colonne = me.getValue().length;
            Object[] riga = me.getValue();
            B[j] = new Object[colonne];
            B[j] = riga;
            j++;
        }
        System.out.println("Verifica: "+B[3][2]);
    }
}