Intanto ti dico che TCPDF è più completo di FPDF, quindi se devi partire da 0, ti consiglierei TCPDF.

Per mettere il codice a barre sul documento, ti basta sapere quanto è grande il codice a barre da applicare e fare qualche prova per vedere le coordinate giuste per l'inserimento, tanto le dimensioni saranno poi sempre le stesse per ogni codice.

Anche io prenderei prima tutti i codici, li salverei in una tabella del db e poi avvierei la procedura di invio email e stampa.