la struttura delle cartelle dipende dalle esigenze del programmatore.
ci sono comunque cartelle che più o meno tutti usiamo, per i css, per js, altre applicazioni...
i file non sono "collegati" fra loro. ma l'esecuzione di uno può richiedere parti di codice o componemti presenti in altri file. dipende dal progetto
immagino che dipende dalle esigenze del progetto sopratutto, ma ci sara una specie non dico di standard ma una base del tipo se guardiamo da com'è composto un sito in wordpress vediamo che è composto da i vari file php (index,content,footer,function ecc ecc) poi dai fogli di stile (css) poi dai file js poi dalle varie cartelle di immagini ecc.In linea di massima un sito fatto partendo da zero da cosa si compone fatte tutti gli esempi che volete non deve essere qualcosa di standard per ognuno sara diverso e tanto per avere un idea generale e per stabilire un punto di partenza.
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