Ciao ti ringrazio per la risposta.. ieri ho fatto diverse prove tra cui wp_insert_category all'interno di function.php come hai descritto tu sopra.. ma non avendo molta esperienza con wordpress sicuramente sbagliavo in qualche stupidaggine..
Poi ho optato per questo plugin http://wordpress.org/plugins/wpmu-new-blog-defaults/ che tra le altre cose mi permette anche di inserire le categorie di default nei siti/blog creati. Se dovesse servire a qualcuno vi informo che da un primo test pare funzionare anche con la versione 3.8 di wordpress..