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A) C'è anche qualche sistema per fare l'encrypt del codice?
Encrypt/decrypt è possibile ma ovviamente non con gli hash (Lele ti ha già detto che sono unidirezionali). Esistono, in generale, algoritmi di cifratura quali ad esempio AES, Blowfish e altri, utilizzabili (se forniti da un apposito provider) tramite la API della crittografia di Java.

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B) Mi ricordavo però diverse varianti di questo metodo (128bit, 256 bit, ecc...)? Esiste sono una versione di MD5? Sono io che ho un ricordo sbagliato di questo metodo? Esiste solo l'MD5?
MD5 ha lunghezza fissa di 128 bit. Esistono i più "vecchi" MD2 e MD4 (non ha più senso usarli) e ne esistono di più nuovi/recenti come SHA-1, SHA-256 e svariati altri.
Vedi qui:
http://en.wikipedia.org/wiki/Cryptog...ash_algorithms
dove c'è una bella tabellina.