onestamente non sono concetti che si riassumono in un post, quanto meno è inutile se non ti è chiaro cosa sono i package intanto (e come si organizzano) e se non sai come si usa il compilatore da riga di comando. In questo caso non ci sono IDE (eclipse, netbeans o altro) che ti aiutano. Oltretutto iniziare su un forum la guida passo passo non ha nemmeno senso (e credo si esca dal regolamento).

Ti conviene iniziare a leggere e comprendere bene i concetti di packaging in java, il concetto di "classpath", come si compila ed esegue usando la command line. In particolare devi dare un occhio alle opzioni al compilatore (javac) per specificare la "sorgente" dei tuoi dati (dove sono i .java) e la destinazione (dove mettere i .class). Guarda bene anche le opzioni della jvm (java) per capire come si esegue.
Se vuoi creare un jar intermedio (cosa che mette ordine per me), guarda anche le opzioni del comando jar.

Per eseguire hai bisogno di altre info: chi è la main class? hai bisogno di permessi particolari ? (non penso). Hai bisogno di altre librerie (altri jar nel classpath)?

Quando hai davvero chiari questi concetti possiamo pensare di riparlarne, anche se so che nel momento in cui hai davvero digerito tutto, sarai anche capace di risolvere il problema senza chiedere altro.