Presta attenzione a quando scarichi i file con filezilla scaricare file in modalità "binario" e "ASCII" non è la stessa cosa, prova impostando la modalità di trasferimento in "automatico"

Se hai dei file che hanno perso la formattazione ricaricali tramite FTP in modalità trasferimento automatico, poi imposti la modalità di trasferimento in "binario" e scarichi il file su pc e vedi se ritorna formattato altrimenti imposti la modalità "ASCII" e riscarichi il file.

Quando si salvano i file prestare attenzione anche alla codifica, la maggior parte va salvato in codifica "ANSI" ma in alcuni casi anche in codifica UTF-8 anche questo può creare diversi problemi.

Attenzione anche al programma editor che si utilizza per modificare i file, utilizza il blocco note.