innanzitutto è sempre meglio linkarsi (e farsi linkare) verso "sito.com" invece che verso "sito.com/index.php" così in futuro non avrai mai problemi se cambierai index passando per esempio a sito.com/index.html o a qualsiasi altro tipo di index.
a parte la doverosa premessa, non hai detto quale delle due "home" è stata indicizzata dai motori di ricerca (ambedue?) e neanche quale tipo di redirect hai usato... quindi ti dico come la vedo io in generale, riguardo tutte le cartelle home.
redirect permanente
è il più gradito dai motori di ricerca, però implica che l'url di partenza venga definitivamente eliminato da qualsiasi indice!! in questo caso l'url di partenza è sito.com e quindi non ti conviene far sparire per sempre un url così importante, sostituendolo con l'url di destinazione che in futuro potrebbe essere cambiato. perciò se sei assolutamente sicuro che non lo cambierai mai, puoi anche lasciare tutto così com'è.
redirect temporaneo
costringe i motori di ricerca a tenere in memoria l'url di partenza, però potresti far impazzire i motori qualora ricevessi parecchi backlink verso l'url di destinazione in quanto i motori di ricerca potrebbero indicizzare quest'ultimo url col risultato di aver messo in circolazione un perfetto duplicato (che normalmente viene penalizzato nel posizionamento). perciò se proprio non puoi evitare questo tipo di redirect, io metterei un rel=canonical nella pagina di destinazione, così almeno non fai arrabbiare i motori di ricerca.
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