Ok ho trovato il bandolo del matassa!!!

Il Progetto A è AnyCPU in compilazione mentre il progetto B è x86 (il mio S.O. è Win 7 x64).
In sostanza succede questo:

Se metto x86 sul progetto B mi riesegue l'exe dopo la compilazione di debug ma non funziona la chiamata la registro.
Se metto AnyCPU sul progetto B quando eseguo il debug compila l'exe ma non lo lancia ne esegue debug (se vado ad aprire l'exe manualmente dalla cartella debug però legge il registro...)

Mi sto un po rompendo....sto pensando seriamente di reiniziare tutto da capo e via...sto perdendo + tempo dietro a sta cosa che a fare così....