Agli array ci accedi mediante gli indici
nel tuo caso hai una situazione del genere
codice:
$a[] = array ( 'idCliente' => 71 ,'Ordini' => Array ( 0 => 2041 ,1 => 2026 ,2 => 2023 ) );
$a[0]['Ordini'][1] = ???;
quindi usi tre diversi indici per accedere all'elemento