Attualmente mi ritronvo che la disposizione delle voci avviene in verticale invece vorrei impaginarle a mo di tabella
Potresti usare una tabella! O dei div affiancati che contengono div impilati uno sotto l'altro, ovvero una tabella di div, che ti generi in php.

poi eventualmente è possibile far sì che quando seleziono una voce mi cambi anche il colore dello sfondo di quella voce, e il pallino?
non senza tirare in ballo javascript (e/o jQuery): per farlo intercetti il click sull'elemento e fai le modifiche che devi, ma ti devi studiare qualcosa prima...
Ti consiglio di leggerti un paio di tutorial su jQuery, così capisci il funzionamento di base che poi è quello che ti serve perché la cosa è semplice.