Spiega meglio cosa devi fare. Nel senso, inizialmente parli di "due array" ma i duplicati sono da cercare all'interno di un singolo array o controllare che tra i due array non ci siano elementi doppi?

Comunque il controllo è abbastanza banale:

1 - Ti salvi l'elemento i-esimo
2 - Scorri l'array a partire dalla posizione i + 1
3 - per ogni nuovo elemento controlli se è == a quello che hai salvato prima: se sono uguali hai trovato un duplicato