Ciao, ti posto un esempio minimo su come si può controllare la presenza di duplicati in un array. Prova a vederlo e facci sapere se hai dubbi.

codice:
public class DuplicatiArray {
	
	public static void main(String[] args) {
		int[] arr1 = new int[]{1,2,2,3,4,3,5};
		int[] arr2 = new int[]{1,2,3,4,5,6};
		
		System.out.println("Duplicati nel primo array: "+ciSonoDuplicati(arr1));
		System.out.println("Duplicati nel secondo array: "+ciSonoDuplicati(arr2));
	}
	
	
	/**
	 * 
	 * @param array - l'array da controllare
	 * @return true se ci sono duplicati, false altrimenti
	 */
	private static boolean ciSonoDuplicati(int[] array) {
		// variabile di appoggio
		int tmp;
		
		// per ogni elemento
		for(int i=0; i<array.length; i++) {
			
			// salvo il valore dell'elemento
			tmp=array[i];
			
			// guardo, a partire dall'elemento successivo
			// se ci sono duplicati
			for(int j=i+1; j<array.length; j++) {
				if(array[j] == tmp) return true;
			}
		}
		
		// se sono arrivato fino a qui
		// significa che non ci sono duplicati
		return false;
	}
}