Chiudo il post con la sintesi:

Nel primo esempio ho confuso un po' i ruoli: io effettuavo una connessione ftp e poi scrivevo un file. Chiaramente sono due cose
distinte.
La connessione ftp non ha nulla a che vedere con la creazione del file. Per risolvere il problema della scrittura file da parte di un utente diverso dall'anonimo avrei dovuto cimentarmi in esecuzioni di chiamate shell combinate con sudo che probabilmente mi davano la possibilità di eseguire un intero script e non un pezzo di codice come volevo io.

Per cui ho deciso di seguire questa strada:
Premesso che le necessità erano le seguenti:
- Scrivere in cartelle specifiche dell'applicazione
- Scrivere nella root dell'applicazione
- Scrivere in applicazioni presenti in altri domini

la mia soluzione è:
creare una, ed una sola, cartella con diritti di scrittura. Dopo aver scritto il file, attraverso connessione ftp, trasferisco il file nella posizione che mi interessa che sia essa in una cartella specifica, nella root o in altri domini tutte cartelle senza diritti di scrittura.

Prima di salutarvi vi chiedo: è una soluzione sicura?

Ringrazio Santino per la collaborazione.