http://jplayer.org/latest/developer-guide/
Mai usato jplayer ma dai titoli della documentazione (non sono andato oltre i titoli) sembra che si riesca a fare quello che cerchi.

Da pannello amministrativo metti un player e gestisci l'evento seeking al fine di creare i marker.

Quando invece mostri il video agli utenti oltre ai controlli di base postresti aggiungere tanti pulsanti quanti sono i marker e al click su questi potresti utilizzare $(id).jPlayer( "play", [Number: time] ) : jQuery