Secondo me è una pessima idea usare la seriale per una cosa di questo tipo: la RS232 usa un suo particolare protocollo (per quanto semplice), se devi implementare un protocollo differente non è l'interfaccia adatta. Io userei la porta parallela (che consente di alzare o abbassare i singoli segnali come e quando ti pare) oppure userei un microcontrollore esterno per gestire tutti gli aspetti di timing e gestione del protocollo che usi con il tuo device, e che dall'altro lato con il computer parli via seriale (probabilmente emulata via USB).