1) Richiedi i valori (prima se vuole stampare una riga o una colonna, poi ulteriori valori per capire quale riga o quale colonna) all'utente tramite input da tastiera, molto indicativamente:
codice:
BufferedReader input = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
try {
    String stringScelta = input.readLine();
    int intScelta = Integer.parseInt(stringScelta);
} catch(IOException e) {
    e.printStackTrace();
} catch(NumberFormatException e) {
    e.printStackTrace();
}
2) Utilizzi i valori inseriti:

L'utente ha scelto di stampare la riga x:

codice:
for(int i=0; i<matrice.length; i++) {
    for(int j=0; j<matrice[i].length; j++) {
        if(i == riga_inserita) { //se la riga corrente (i) è uguale a quella scelta dall'utente
            System.out.print("\t" + matrice[i][j]);
        }
    }
}
L'utente ha scelto di stampare la colonna x:

codice:
for(int i=0; i<matrice.length; i++) {
    for(int j=0; j<matrice[i].length; j++) {
        if(j == colonna_inserita) { //se la colonna corrente (j) è uguale a quella scelta dall'utente
            System.out.print("\t" + matrice[i][j]);
        }
    }
}