Così è dificile darti una risposta: hai un link da farci vedere, oppure ci dici più in dettaglio cosa non funziona e che errori/problemi dà?

Di per se un iframe è come se fosse un'altra finestra del browser che viene inserita visivamente all'interno di una pagina, e quindi dovrebeb fare funzionare il sito che ci inserisci esattamente come se fosse usato a parte; se il sito che inserisci nell'iframe lo usi separatamente sei sicuro che tutto funzioni?

Qualsiasi alternativa fatta con php sarebbe lato server, e quindi completamente diversa in termini di come funziona e di come va scritta da un iframe, che è lato client...