$query = "SELECT risposta_01, count(*) as 'Si' FROM questionario GROUP BY risposta_01";

Perché non provi ad eseguire questa query direttamente a mano sul DB (con phpmyadmin per esempio) per vedere cosa restituisce?
Restituisce ciò che ti aspetti? Secondo me no, ma verificalo.

while ($row=mysql_fetch_array($result) {
$risposta_01 = stripslashes($row['risposta_01']);
}

A cosa serve questo while?
Sovrascrive continuamente la variabile $risposta_01, alla fine avrai solo l'ultimo valore del ciclo, tutti gli altri vanno persi dato che non è un array.