Il fatto che la query recuperi più record lo supponi o lo verifichi praticamente?
Se mysqli_num_rows ti dice 0, vuol dire che ha trovato 0 record corrrispondenti alla tua query, non si sbaglia a contare.

Stampa la query incriminata con un echo invece di eseguirla, poi fai copia/incolla su phpmyadmin e vedi cosa recupera.
In caso non faccia ciò che ti aspetti, modifica la query in modo adeguato.