Hai ragione, scusami.
la JOIN è questa:
$sqlquerypdf = "SELECT $nometabella.FILE_NAME,$nomeutente.nomepdf FROM $nometabella LEFT JOIN $nomeutente ON $nometabella.FILE_NAME = $nomeutente.nomepdf WHERE $nomeutente.nomepdf IS NULL";
In parole povere funziona solamente su tabelle che io ho creato da pannello phpMyAdmin, e non funziona dalle tabelle che io creo via script, eppure hanno i campi identici, guardato 100 volte