Per quanto riguarda Spring (che uso quotidianamente in ufficio) posso consigliarti la serie Spring X In Action dove X è da sostituire col modulo che ti interessa (ad esempio, Spring Batch, Spring Integration ecc)

J2EE invece è un argomento vastissimo, impossibile da raccogliere in un libro. Dovresti vedere che aspetti ti interessano e guardare quelli. Prima ovviamente ti serve una OTTIMA base di J2SE e di OOP, senza non vai da nessuna parte.
Su J2EE non saprei che libri consigliarti.