Il punto è questo: il problema della sicurezza si pone a differenti livelli a seconda del sito in questione.

Un sito personale di solito non contiene dati tanto importanti da richiedere una gran protezione, per farti un esempio, se qualcuno dovesse accedere al mio sito e cancellarmi roba dal db o defacciandolo o facendoci qualsiasi altra cosa, non me ne importerebbe nulla, ho una copia di backup dei file e del db, mi basta ricaricarle e il sito torna come nuovo, quindi sta bene su un server condiviso con poca libertà di controllo.

Se invece hai un sito che contiene dati sensibili o che comunque rende difficoltoso il ripristino in caso di attacchi (magari a causa dell'elevato traffico di dati sul db che cambia in continuazione) allora la scelta del server condiviso non va bene e devi pensare ad una soluzione più professionale dove puoi configurare tutto come vuoi.