Benvenuto.

Non ho mai usato fpdf, ma ad occhio direi che l'apertura del file la devi fare fuori dal ciclo, altrimenti lo sovrascrivi ad ogni iterazione e alla fine ti resta solo l'ultima.

Fondamentalmente penso che siano queste istruzioni da mettere prima del for

// initiate FPDI
$pdf = new FPDI();

// set the source file
$pdf->setSourceFile("ddt.pdf");

poi ripeto, potrei anche sbagliare dato che non l'ho mai usato, ma intanto che aspetti altre risposte fa una prova.

Allo stesso modo tirerei fuori dal ciclo anche la lettura dei file txt, se sono sempre gli stessi è inutile che rileggi n volte le stesse cose.