Ciao.
Col tuo problema PHP c'entra poco e niente.
Il tuo problema è che chiami tutti i form con lo stesso id e tutti i campi select con lo stesso nome, javascript preleverà sempre e solo il primo che trova, non sa quale hai veramente modificato perché per il recupero si basa sull'id del form e basta.
Inizia col creare i vari form con un id diverso ed i select con nome diverso, per esempio aggiungendo un numero incrementale
echo "<form action=\"prova.php\" id=\"SalvaModifiche_$i\" method=\"POST\">";
echo "<td><select name=\"comm_$i\" id=\"comm\" onchange=\"SalvaRecord()\">";


in cui $i è una variabile che fai partire da 1 ed incrementi ad ogni ciclo del while.

Per ulteriori informazioni su come far recuperare poi correttamente i dati alla funzione Javascript, ti sposto nella sezione adatta, perché di PHP basta quello che ti ho scritto prima.