Secondo me il punto di partenza dovrebbe essere il clic: se riesci a farti comunicare dove hai cliccato, puoi fare tutto :P e come diceva cavicchiandrea, passi poi via ajax una chiamata a php che ti gestisca il db sotto.
cmq in questa pagina spiega le basi, ad esempio, per farlo in drag & drop
Dopodiche, non hai che da dire, sull'evento di drop, sono nella posizione "tale" e passi "tale" al database
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