1) la funzione file() restituisce un array contenente in ogni entry una riga (delimitata da \n) del file che ha letto, quindi se count() ti dice 25, vuol dire che file() ha letto 25 righe.

2) PHP, nativamente, non sa leggere i file Word, quindi quel 25 può benissimo essere sbagliato, vuol solo dire che nel file ha riconosciuto 24 caratteri di ritorno a capo, che possono non coincidere coi ritorni a capo come li considera Word.

Conclusione: dovrai installare ed usare una qualche libreria PHP che permetta di leggere i file .doc, leggere il file con le funzioni che ti mette a disposizione e manipolare il file di conseguenza.