La soluzione ottimale è creare un campo nella tabella che corrisponde al seo_url, come hai già specificato nell'esempio e utilizzare $_SERVER["PHP_SELF"].

Anche se tu vedi http://www.pippo.it/pluto-e-paperino, in realtà il server lo vede come www.pippo.it/index.php/pluto-e-paperino (o in altre salse in base alla tua configurazione nell '.htaccess.

Ovviamente nel campo link devi salvare "pluto-e-paperino"

<?php
$PHP_SELF = str_replace("/index.php/", "", $_SERVER["PHP_SELF"]);
$query = mysql_query("SELECT aid FROM db_permealink WHERE permalink = '$PHP_SELF'");
?>