Semplice: si ottiene un oggetto java.util.Date, tramite questo si crea un oggetto java.sql.Date e si usa quest'ultimo per fare le query:

codice:
// Ottengo la data di sistema (data di oggi) in un formato "compatibile" con i DB
java.sql.Date sqlDate = new java.sql.Date( new java.util.Date().getTime() );

// Uso l'oggetto in un PreparedStatement:
String sql = "SELECT * FROM Tabella WHERE campoData = ?";
PreparedStatement pstmt = con.prepareStatement( sql );
pstmt.setDate(1, sqlDate);

ResultSet rs = pstmt.executeQuery();
...

Ciao.