t=setTimeout("document.upload_form.action",3000);
var note = document.upload_form.note_ente.value;
var commessa = document.upload_form.commessa.value;
var file = document.upload_form.file1.value;
var formdata = new FormData();
formdata.append("file1", file);
formdata.append("commessa", commessa);
formdata.append("note_ente", note);
var ajax = new XMLHttpRequest();
ajax.open("POST", "upload_inserisci.php?enti=<?=$id_utenti?>");
ajax.send(formdata);

window.setTimeout("redirect()", 10000);
}

function redirect() {
//Qui mettiamo il link verso cui redirigere l'utente
location.href = "upload.php?enti=<?=$id_utenti?>";
}
facendo la function redirect effettua il redirect dopo 10 secondi e non gli importa se ha finito o meno il download.