Ciao, non mi è chiaro cosa tu intenda per "frame che si sovrappongono". Partiamo dal principio che non è possibile sovrapporre due frame di una stessa timeline in quel modo.
Perciò, o stai facendo riferendo a timeline di "elementi diversi" (diciamo così) oppure è possibile che tu stia inserendo elementi sullo stage in modo dinamico (cioè via script) i quali continuano ad esistere sullo stage anche se ti sposti tra i frame di tale timeline.

Puoi chiarire?