Bene, Scanner tratta principalmente "token" (stringa, int, long, ecc...) e come caso particolare una intera linea (nextLine()).
Se l'input è da standard-input (System.in) l'unica cosa da tenere a mente è che indipendentemente da quanti token leggi in sequenza (o una riga intera), i dati arrivano alla applicazione solo quando si preme invio.