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Il mio compito è criptare queste stringhe, comprimerle e scriverle/leggerle
Innanzitutto si può fare?
Certo, sicuramente.

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Come? Esistono librerie per gestire gli stream in tal senso?
Per gestire il BLOB si usa come minimo la API di JDBC, a meno che stai usando un framework che sta al di "sopra" di JDBC.
Per la cifratura si usa la API della Security, i vari Cipher, CipherInputStream/CipherOutputStream, ecc.....

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ma la crittografia non funziona considerato che aumenta la dimensione dello stream
No alt, la crittografia di per sé, concettualmente, non aumenta la quantità di informazione! Comunque molti algoritmi di cifratura lavorano a "blocchi" es. 64, 128 bit e necessitano di un "padding" che ovviamente deve essere considerato ma in ogni caso si tratta al massimo di una manciata di byte in più rispetto allo stream originale.