Il tuo problema di base è che non hai capito come funziona tutto il giro. "Come modifico variabili php tramite js" è una domanda che non ha senso. Le variabili php esistono solo nello script php, che quando finisce spedisce la pagina al browser. Quando tu guardi la pagina sul browser, non esiste nessuno script php, e quindi nessuna variabile da modificare.